其中，**一级重点保护的鸟类有：东方白鹳、黑鹳、丹顶鹤、白头鹤、白鹤、金雕、白尾海雕、大鸨等8种；**二级重点保护的鸟类有：大天鹅、白枕鹤、灰鹤、白琵鹭、白额雁、鸳鸯等35种；一、二级重点保护鸟类共43种。陆上野生动物有狼、狐、貉等25种，两栖爬行类9种，鱼类46种，年产量达5000吨，昆虫446种，植物200种，其中具有药用价值的149种。地下还蕴藏着丰富的石油和天然气资源。查干湖渔场2005年胖头鱼总产量3300吨，占中**同类产品的比例为1.5‰，占吉林省同类产品的18.6%。
保护区有哺乳类兽类动物25种，隶属于5目12科。占吉林省兽类总数（81种）的30.9%。在这25种兽类中食肉类动物计5种，占33.3%。包括狼、赤狐、貉、黄鼬及艾鼬。啮齿目种类**丰富，计15种。占区内兽类的60%。包括草原黄鼠、三趾跳鼠、黑线仓鼠、布氏田鼠、麝鼠、草原鼢鼠及巢鼠等。此外有兔形目的草原兔，食虫目的达乌尔猬。有8种为**要保护的“三有动物”，占区内兽类总数的53.3%。
植物资源
水生植物群落
水生植物群落是指生长于湖泊、水库和池塘中的植物群落。吉林省西部的湖泊密集，占辽宁省面积的6%。查干湖是东北地区西部**的天然湖泊。
1、浮水植物：这类植物漂浮于水面，根系悬浮于水中或扎于湖底的泥土中，而叶片及花则漂浮于水面之上。**常见的植物有荇菜、浮萍、多根萍、槐叶萍及菱角等。
2、沉水植物：植物体全部沉于水中，根系固着于水底的泥土中。主要分布于湖泊或池塘的深水区域。**常见的有菹草、金鱼藻、狐尾藻、线叶眼子菜等植物。
沼泽植物群落
查干湖地区的湿地沼泽可划分为下列植物群落。
1、芦苇-苔草群落：该植物群落的形成初期以芦苇为主，后有苔草侵入，由于常年积水，植物的种类相对较少，以种子植物为主，伴生有少量的苔藓及蕨类。代表植物有芦苇、小叶章、小白花地榆、苔草、驴蹄草、箭叶蓼等。
2、香蒲-芦苇群落：该植物群落在查干湖地区较为普遍，主要分布于河滩地，地表长期积水，土壤为腐殖质沼泽土，常见的植物有香蒲属的各种植物，如宽叶香蒲、狭叶香蒲及普氏香蒲等。群落的外貌为绿色，夏秋季节，果穗为褐色，除了香蒲外，芦苇也不少，其他植物有戟叶蓼、箭叶蓼、节蓼及杉叶藻等。
3、踏头沼泽群落：由于地表季节性积水，形成以塔头苔草为优势种形成斑点状的，高约25-40cm，直径约50cm的草丘，盖度为90%以上。伴生植物有小叶章、水蓼、狐尾藻等。
4、菖蒲群落：分布于查干湖附近的河滩洼地和中小河流的旧河道中。群落的地表有薄层的积水，一般水深可达10cm左右，雨季可达30-50cm，土壤以淤泥沼泽土为主。植物种类较为贫乏，菖蒲为建群种，盖度85%左右，伴生植物有苔草、泽芹、水蓼、地瓜儿苗及箭叶蓼等。
5、水稗草群落：此群落大部分为撂荒的水田和农田，地表土壤的含水量大，但地表无明显的积水，盖度为70%左右。伴生植物有侧莞莎、苔草、千蕨菜、狭叶地榆等。
盐碱化草甸
本地区内的一些地段，因为载畜量过大，因而造成草场严重的退化。地上的植被所剩无几，致使地下的盐碱成分随着地下水分的蒸发而不断上升，在地表面形成“碱斑”俗称叫“碱疤瘌”，一块块的白色，是草原上的“秃疮”。只有一些**耐盐碱的植物才能在上面生长、成活。如西伯利亚蓼、碱蓬、碱地肤及碱茅等。
草甸草原
在查干湖附近地势较高处，季节性的洪水淹不到的地方，常有草原区典型植被的存在。主要代表植物为羊草，为根茎植物，喜生于中性或偏碱性的土壤中，它的适应性强，分布广。伴生植物有佛子毛、细叶地榆、五脉山黧豆、水蒿、黄花菜等。
杂类草群落
主要分布于低海拔的林间空地或谷地的边缘。在草原区形成斑块状的分布，没有明显的优势植物，其中多为双子叶植物，花大，色泽鲜艳，五彩缤纷。俗称为“五花草塘”或“狗肉地”。主要植物有地榆、蚊子草、风毛菊、单穗升麻、桔梗、知母、野豌豆等。在查干湖附近地区，开垦的农田，由于耕作数年后，土壤的肥力递减，而当地很少施肥，所以只有弃耕而另开垦新的荒地，土地撂荒后，任凭杂草丛生。旱田里，多半是耕地的农田杂草，如黄蒿、野艾蒿、东北苦菜、苣荬菜等。在撂荒的水田里生长的多半为水田杂草，如水稗草、千屈菜、牛毛毡苔草及苔草等。
人工植被（农田）群落
吉林查干湖**级自然保护内的低洼地和水源充足的地方常被开垦为水田，种植水稻。岗地或临时性的水淹地，则被开垦为旱田，种植玉米、黄豆及高粱等。查干湖附近多为冲积的沙质土或沼泽土，土质肥沃，种植的庄稼不用施肥或很少施肥。这些田地在年降水量较少时，可以得到较好的收成，一旦雨季洪水泛滥，可能颗粒无收。多年来在湖周围开垦的农田数量很大，主要是旱田或水田开垦。以至使原有的自然植被覆盖率大为减少。
木本植物群落
在查干湖地区也生有少量的木本植物 ，其中一些杨树及柳树成块状分布，多为人工种植，另有一些树木或灌木为自然生长，如榆树、胡枝子及枸杞等。
